Errores de mando, falta de un proyecto deportivo, un administrador que fracasó por segunda ocasión en un lapso de tres años y más de diez técnicos en seis torneos fueron los factores que condenaron a Veracruz al cuarto descenso en su historia. A dos años de su regreso al máximo circuito, Veracruz vivió una temporada de ensueño en el Apertura 2004 de la mano de Cuauhtémoc Blanco, en la que inclusive fueron superlíderes, los "escualos" parecían que podrían tener un resurgimiento de aquellas viejas glorias cuando consiguieron el título de las campañas 1945-1946 y 1949-1950.
Con tres descensos en su haber, en 1951, 1979 y 1998, desde su fundación en 1943, los "jarochos" no querían vivir una situación similar, en la cual poco a poco se fueron envolviendo sin remedio alguno.
Luego de una serie de acusaciones de fraude hacia Rafael Herrerías, dueño del 80 por ciento de las acciones, las cuales cedió a finales de febrero de 2005, a partir que el Congreso Local ordenara la disolución del fideicomiso, argumentando que el único beneficiado en el aspecto económico era para el empresario taurino, comenzó la debacle.
Ya bajo el control del gobierno de Fidel Herrera el equipo inició su camino hacia el descenso en el Torneo Apertura 2005 con la dirección técnica, primero de Juan Carlos Chávez, que dirigió 12 duelos, y posteriormente de Eduardo Rergis, en la cual únicamente entre los dos lograron sumar 15 puntos.
Al tomar Fidel Herrera el control del equipo aceptó que sería más fácil para él manejar uno de beisbol que uno de futbol, algo que confirmó en el Apertura 2006 al recurrir a Guillermo Lara para reforzar al plantel.
El argentino Pedro Monzón fue el estratega que mejores cuentas entregó en el Apertura 2006 cuando entró de relevo en lugar de Víctor Manuel Vucetich, para llevar al equipo hasta el repechaje donde quedó fuera a manos de Guadalajara.
Esta fue la última temporada con resultados medianamente importantes que tuvo el conjunto "jarocho", pues en el Clausura 2007 sólo fue capaz de cosechar 12 puntos, bajo el mando de mismo Monzón, que fue relevado por el uruguayo Aníbal Ruiz que salió al final de la misma.
La situación del porcentaje para estas alturas ya era bastante preocupante, a tal grado que el Gobierno del Estado buscó a una persona experimentada que pudiera ayudarlos a salir del mismo, por ello decidieron acudir ex presidente de la Federación Mexicana de Futbol (FMF), Alberto de la Torre, que se hizo cargo de la administración del equipo en junio de 2007.
No obstante a los buenos deseos del Gobierno del Estado, olvidaron que apenas un año atrás con su empresa "PromoFut", De la Torre Bouvet había fracasado en el mismo objetivo con Dorados de Sinaloa que perdieron la categoría en el último partido del Clausura 2006.
Para evitar el descenso, el ex directivo del Atlas se hizo de los servicios del argentino Nery Pumpido, así como de una cantidad muy importante de jugadores para el Apertura 2007, lo cual no reflejó ninguna mejoría pues al final el campeón del mundo en México 86 dejó el cargo tras once fechas.
Su sitio fue ocupado por su compatriota Antonio Mohamed que dirigió los últimos partidos de esa campaña y se alistó para este Clausura 2008 con una serie de refuerzos que tardaron mucho en responder, o algunos de plano no lo hicieron.
Dos derrotas en el inicio, combinado con la desesperación y falta de manejo por parte de la administración en conjunto con el gobierno provocó que se le dieran las gracias al "Turco" y se contratara a Miguel Herrera, quien contaba con 15 partidos para alcanzar el objetivo.
Con un equipo que él no armó, el "Piojo" hizo su esfuerzo y debutó con una victoria en calidad de visitantes frente a Tigres de la UANL, sumó un empate, dos derrotas para reencontrarse con el triunfo en la fecha ocho.
De la fecha 9 a la 13 sumó dos empates, igual número de derrotas y una victoria frente al América, pero el duelo que no podían darse el lujo de perder y lo hicieron fue el de la jornada 14 ante Puebla, que pasó por encima de ellos 2-0 en el estadio Luis "Pirata" Fuente.
Esta derrota fue la que definió en gran parte su descenso, pues pese a que vinieron de atrás para derrotar de manera milagrosa a Chiapas en la fecha 15, su "tumba" ya estaba cavada y sólo confirmaron su descenso al caer ante Pumas de la UNAM , para así alcanzar un destino que se gestó en gran parte desde el escritorio.